Le vetrate della navata, disegnate espressamente per la chiesa alla fine dell’800 dalla ditta inglese Clayton & Bell, illustrano la vita di S. Paolo. Partendo dalla vetrata dalla parte di Via Nazionale, che rappresenta Saul ai piedi di Gamaliele, il racconto della sua storia prosegue intorno alla chiesa, e finisce accanto alla porta laterale, col martirio di S. Paolo all’abbazia delle Tre Fontane a Roma.
Nel battistero, una delle vetrate rappresenta il battesimo di S. Paolo e del carceriere a Filippi, l’altra descrive il Signore che raccoglie i bambini tra le braccia e dà ai suoi discepoli il comandamento di andare a battezzare tutte le nazioni. Il grande rosone sulla parete occidentale rappresenta Cristo Re circondato da otto martiri romani.
Le vetrate nella sala parrocchiale erano una volta nell’abside, ma sono state spostate nella loro posizione attuale quando vi furono collocati i mosaici. La vetrata a sinistra rappresenta l’Annunciazione e la Natività, al centro è raffigurato Cristo risorto e la visione di Paolo sulla via di Damasco, mentre nell’ultima si vede Gesù preso dai sodati romani nel Getsemani e Pilato che presenta Cristo alla folla il Venerdì Santo.