El órgano de San Pablo fue construido en 1963 por la firma «Vincenzo Mascioni and Sons» y sustituyó al órgano Roosevelt original (que ahora es propiedad de la iglesia de Gesu Bambino a Sacco Pastore en Roma). Tiene transmisión eléctrica y es un instrumento potente y versátil, con 40 paradas divididas entre tres manuales y una pedalera. Como todos los instrumentos Mascioni de su época tiene un estilo ecléctico y se adapta bien a un amplio repertorio. La consola está situada en el pasillo izquierdo, frente a la Capilla de San Agustín, mientras que las tuberías se colocan en la esquina entre el pasillo derecho y el ábside.
El órgano se utiliza con frecuencia para recitales y servicios, y ha sido interpretado por muchos organistas destacados, incluidos Martin Sander, Daniel Roth, Josep Solé Coll, organista titular de la Basílica de San Pedro y los organistas ingleses Stephen Farr y Christopher Herrick, como así como muchos otros.
| I Organo Positivo | III Recitativo – Espressivo | II Grand’Organo |
| 1 Principale 8′ 2 Corno di notte 8′ 3 Flauto 4′ 4 Nazardo 2 2/3′ 5 Ottavino 2′ 6 Terza 1 3/5′ 7 Cromorno 8′ 8 Tremolo |
19 Controgamba 16′ 20 Diapason 8′ 21 Bordone 8′ 22 Salicionale 8′ 23 Principale 4′ 24 Ottavina 2′ 25 Larigot 1 1/3 26 Ripieno 5 File 1′ 27 Tromba Armonica 8′ 28 Oboe 8′ 29 Chiarina 4′ 30 Voce Celeste 31 Tremolo |
9 Principale 16′ 10 Principale 8′ 11 Corno Camoscio 8′ 12 Flauto Traverso 8′ 13 Flauto Camino 4′ 14 Ottava 4′ 15 Duodecima 2 2/3 16 Decimaquinta 2′ 17 Ripieno 4 File 1 1/3 18 Tromba 8′ |
| Pedale | Unioni | Combinazioni – Annullatori |
| 50 Basso Acustico 32′ 51 Contrabasso 16′ 52 Principale 16′ 53 Subbasso 16′ 54 Controgamba 16′ 55 Principale 8′ 56 Flauto 8′ 57 Ottava 4′ 58 Trombone 16′ 59 Tromba 8′ 60 Clarone 4′ |
32 I – P 8′ 33 II – p 8′ 34 III – p 8′ 35 III – I 36 III – II 37 I – II 38 I – p 4′ 39 II – p 4′ 40 III – p 4′ 41 I – 16′ – I 42 I Ann 8 I 43 I – 4′ – I 44 II – 4′ – II 45 III – 4′ – II 46 III – 16′ – II 47 III – 16′ – III 48 III Ann 8′ III 49 III – 4′ – III |
Ann. Ancie I Ann. Ancie II Ann. Ancie III Ann. Ancie Ped. Ann. Generale Ancie Ann. Ripieni Ann. Mutazioni Ann. Superottave Ann. Subottave |